Jest jednym z kościołów na Kazimierzu. Kazimierz w 1335 roku był lokowany przez Kazimierza Wielkiego; początkowo był miastem chrześcijańskim; w akcie lokacyjnym nie ma żadnej wzmianki o Żydach. Dopiero pod koniec 15 wieku sprowadzono tu Żydów.
Jak powstał kościół Bożego Ciała? Legenda głosi, że około 1347 roku złodzieje ukradli monstrancję z hostią z kościoła Wszystkich Świętych. Jednak gdy się zorientowali, że monstrancja nie jest złota – jak przypuszczali – tylko pozłacana, porzucili ją we wsi Bawół. Po pewnym czasie okoliczni mieszkańcy zauważyli światło niewiadomego pochodzenia, które - jak się potem okazało - promieniowało z monstrancji. Powiadomili o tym biskupa Bodzantę. Wieść doszła również do króla Kazimierza Wielkiego, który postanowił we wsi Bawół zbudować kościół.
Jest to typowy kościół gotycki, bazylikowy. Można powiedzieć, że jest podwójną bazyliką – ze względu architektonicznego (ma korpus 3-nawowy, a nawa środkowa jest wyższa od naw bocznych) oraz ze względów religijnych (otrzymał tytuł bazyliki, który nadawano tylko kościołom zasłużonym).
Pełnił funkcję fary miasta Kazimierza. Jego budowę zakończono w 1405 roku. Wtedy to król Władysław Jagiełło sprowadził tu zakon kanoników regularnych laterańskich (dawniej zwani bożociołkami), który przejął parafię i opiekuje się nią do dziś.
Zbudowany jest w typie filarowo-szkarpowym, charakterystycznym dla Krakowa. Ma sklepienie krzyżowo-żebrowe, charakterystyczne dla gotyku.
Witraże z pierwszego okresu zostały zniszczone (podobnie jak w pozostałych kościołach Krakowa). W prezbiterium znajduje się jedno okno, w którym zebrano wszystkie witraże, które się zachowały z tamtego okresu. Obecne witraże pochodzą z czasów secesji.
W latach 30. 17 wieku dokonano przebudowy wnętrza kościoła. Wtedy na miejsce ołtarza gotyckiego postawiono nowy ołtarz w stylu manierystycznym (manieryzm to ostatnia faza renesansu). Obraz w ołtarzu głównym nosi tytuł „Pokłon pasterzy” (znany też jako „Adoracja pasterzy”); w górnej części ołtarza obraz: „Zdjęcie z Krzyża”.
Z tego samego okresu pochodzą manierystyczne stalle, jedne z najpiękniejszych w Krakowie. Jest w nich 70 miejsc, mają 2 rzędy. Między kolumnami umieszczono rzeźby świętych papieży; są tu też obrazy przedstawiające świętych i błogosławionych.
Na uwagę zasługuje ambona w kształcie łodzi oraz obrazy Tomasza Dolabelli.
Z tego samego okresu pochodzi też wieża (70 m) i 3 kruchty wejściowe.
W kościele znajduje się nagrobek św. Stanisława Kazimierczyka (ur. w 1433 roku). Był obywatelem Kazimierza; nazywał się Sołtys; wstąpił do zakonu kanoników regularnych; był znanym kaznodzieją i spowiednikiem; opiekował się też chorymi; zaraził się od nich i zmarł w opinii świętości (w XV wieku 6 osób zmarło w Krakowie w opinii świętości). W 1993 roku był beatyfikowany przez papieża Jana Pawła II, a w 2010 kanonizowany przez Benedykta XVI.
